Vùng biển Cô Tô được thiên nhiên ưu đãi với đa dạng quần thể sinh học, có nhiều loại thủy, hải sản có giá trị kinh tế cao sinh trưởng tự nhiên như; Bào ngư; cầu gai, mực, sứa…
Đặc biệt vùng biển nơi đây số lượng sứa nhiều hơn hẳn so với các ngư trường khác trong khu vực phía Bắc, hàng năm vào khoảng tháng 3 đến tháng 5 ngư dân trên đảo Cô Tô tập trung khai thác đánh bắt và chế biến hải sản, chủ yếu là sứa, hiện nay trên đảo đã hình thành lên hàng chục cơ sở chế biến sứa, mỗi mùa vụ các cơ sở chế biến được hàng ngàn tấn sứa thành phẩm, cung ứng cho thị trường trong nước và xuất khẩu quốc tế. Tuy nhiên các cơ sở chế biến cũng phải đối mặt với khá nhiều khó khăn trong công tác chế biến và tiêu thụ sản phẩm như; Mở rộng đầu tư nâng cao năng lực sản xuất, công nghệ chế biến, xây dựng thương hiệu cho sản phẩm, và những vướng mắc các quy phạm pháp luật về khai thác thủy sản cũng như xuất khẩu sản phẩm thủy sản vào thị trường Quốc tế.
Để tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp trên địa bàn, huyện Cô Tô đã chủ động phối kết hợp với các Sở, Ngành trong tỉnh từng bước điều chỉnh, khắc phục những yếu tố bất cập, tạo điều kiện cho các doanh nghiệp, các cơ sở yên tâm sản xuất và tìm đầu ra cho các sản phẩm, tăng cường ứng dụng khoa học, công nghệ trong sản xuất, chế biến, bảo quản sản phẩm nông, ngư nghiệp; xây dựng đa dạng các mặt hàng đặc sản của địa phương như nước mắm, cá khô, hải sản…; hỗ trợ ngư cụ, sửa chữa, đóng mới tàu thuyền cho người dân.
Năm 2012, với nguồn kinh phí Khuyến công địa phương phân khai theo Quyết định 1026/QĐ-UBND đã hỗ trợ cho huyện Cô Tô 5 đề án là các hộ kinh doanh sản xuất chế biến thủy sản số tiền từ 40 triệu đồng – 60 triệu đồng/ 1 hộ kinh doanh.
Đây là nguồn kinh phí khuyến công hàng năm của tỉnh Quảng Ninh nhằm khuyến khích các doanh nghiệp, các cơ sở sản xuất kinh doanh mở rộng phát triển, nâng cao năng lực sản xuất, tạo điều kiện giải quyết việc làm, tăng thêm thu nhập cho lao động cho địa phương. So với các địa phương khác trong tỉnh, về công tác khuyến công Cô Tô được ưu tiên hơn theo tinh thần Nghị định số 134/2004/NĐ-CP ngày 09 tháng 6 năm 2004 của Chính phủ về khuyến khích phát triển công nghiệp nông thôn.
Thời gian tiếp theo, Cô Tô sẽ tập trung huy động mọi nguồn lực đẩy nhanh tiến độ chương trình xây dựng nông thôn mới, trong đó tập trung vào các nhiệm vụ phát triển sản xuất, chuyển dịch cơ cấu kinh tế, cơ cấu sản xuất nông, lâm, ngư nghiệp theo hướng phát triển sản xuất hàng hóa có chất lượng, hiệu quả và bền vững. Xây dựng các mô hình công nghiệp, tiểu thủ công nghiệp và dịch vụ, phát huy lợi thế, giá trị kinh tế biển đảo… phấn đấu đến hết năm 2013 huyện cơ bản đạt các tiêu chí về xây dựng nông thôn mới.